关于在留的一点小问题622631h

你好，我想请问下有A，B两家公司可以让我赴日工作，日本A公司的三年再留资格已经下来了（签证还没申请），同时国内B公司说近期就能把我商务派去日本，之后再申请长期。我考虑过后还是想通过国内公司赴日。但是A的再留资格我已经收到了在它有效期三个月内，我可以由B公司申请商务签证去日本的C公司（B的在日营业所）吗？三个月后A的在留资格无效，对我申请C公司的长期在留有影响吗？